5.2多聚酶链式反应扩增dna片段
学案
目标导航 1.知道细胞内参与DNA复制的各种组成成分与反应条件;知道DNA合成方向。2.理解PCR的原理;掌握PCR的基本步骤及每个步骤前后发生的变化。
一、PCR技术的原理
1.PCR扩增方向
(1)3′端和5′端:为了明确地表示DNA的方向,通常将DNA的羟基(—OH)末端称为________,而含____________的末端称为________;一个双链DNA分子中含两个3′端和两个5′端,如果一条链的方向是________,则另一条链的方向就是________,这就是反向平行的含义。
(2)DNA分子中相邻两个脱氧核苷酸残基通过________________相连,该化学键是由一分子脱氧核苷酸中3号碳原子上的羟基(—OH),与相邻的另一分子脱氧核苷酸中5号碳原子上的磷酸基团脱水聚合而成。所以DNA的合成方向总是从子链的________向________延伸。
2.PCR技术原理
(1)PCR原理:DNA分子在一定条件下可以进行半保留复制。
(2)DNA的热变性原理:在________的温度范围内,DNA的双螺旋结构将解体,双链分开,这个过程称为________;当温度缓慢下降后,两条被分离的DNA链又会重新结合成双链,这个过程称为________。
3.生物体内DNA复制与PCR反应的区别
体内复制
PCR反应
解旋
在______作用下,细胞提供能量,部分解开
加热至______,双链全部解开,不需解旋酶
引物
一小段RNA
可以是RNA或单链DNA分子片段
合成子链
在引物基础上,一条链连续合成,另一条链不连续合成
分别从两条链的______开始,都是连续合成,控制温度______
特点
____________,半保留复制
体外迅速扩增
Taq
DNA聚合酶
______
____
循环次数
受生物体自身控制
30多次
相同点
生物体内的DNA复制和PCR体外DNA扩增都需要____、____________作原料、____,子链延伸的方向都是从______到______,且都需要在一定的缓冲溶液中进行
二、PCR的反应过程
1.反应条件
(1)稳定的缓冲液环境。
(2)DNA模板。
(3)分别与模板DNA两条模板链相结合的两种引物。
(4)A、T、G、C四种脱氧核苷酸。
(5)耐高温的DNA聚合酶,一般用Taq
DNA聚合酶。
(6)能严格控制温度变化的温控设备。
2.过程
(1)________(90~95℃):双链DNA模板在热作用下,氢键断裂,形成单链DNA。
(2)________(55℃左右):两种引物通过碱基互补配对与两条单链DNA结合,形成局部双链。
(3)________(72℃左右):在Taq
DNA聚合酶的作用下,以四种脱氧核苷酸为原料,根据碱基互补配对原则,从引物的5′端→3′端延伸合成与模板互补的DNA链。
3.结果
(1)PCR的每一轮循环包括变性、复性和延伸三步,从第二轮循环开始,每次循环的产物也做模板参与反应,并且由引物Ⅰ延伸而成的DNA单链会与引物Ⅱ结合,进行DNA的延伸。这样,DNA聚合酶只能特异地复制处于两个引物之间的DNA序列,使这段固定长度的DNA序列呈____________。
(2)PCR一般要经历三十多次循环,处于两引物间固定长度的序列数目约为________。
三、PCR反应的实验操作流程
1.操作步骤
________:按照PCR反应体系的配方将所需试剂摆放于实验桌上
________:用微量移液器按照配方在微量离心管中依次加入各组成成分
________:盖严离心管口的盖子,用手指轻轻弹击管壁
________:将微量离心管放在离心机上,离心约10
s。目的是使反应液集中在离心管底部
________:将离心管放入PCR仪中,设置程序进行反应
2.操作提示
(1)避免外源DNA污染:所用仪器、缓冲液、蒸馏水等使用前必须进行____________。
(2)缓冲液和酶分装成小份,并在________储存。
(3)每添加一种反应成分,更换一个________的枪头。
(4)混匀后离心处理,使反应液集中在________底部。
3.实验中DNA含量的测定
理论上DNA扩增呈指数增长,即一条DNA片段循环n次后的数目为2n,但实际可能会有诸多因素影响DNA含量,所以需要对DNA含量进行测定。
(1)原理
DNA在260
nm的紫外线波段有一强烈的吸收峰。峰值的大小与DNA的含量有关。可以利用DNA这一特点进行DNA含量的测定。
(2)过程
①稀释:2
μL
PCR反应液,加入98
μL蒸馏水,即将样品进行50倍稀释。
②对照调零:以蒸馏水作为空白对照,在波长260
nm处,将紫外分光光度计的读数调节至零。
③测定:取DNA稀释液100
μL至比色杯中,测定260
nm处的光吸收值。
④计算:DNA含量(μg/mL)=50×(260
nm的读数)×稀释倍数。
知识点一 PCR的原理和反应过程
1.DNA扩增过程中,DNA片段经若干次扩增,与其数目的理论值变化相符的图是( )
2.在PCR扩增DNA的实验中,根据设计,一分子DNA经30次循环后,应得到约230个DNA分子,但结果只有约210个DNA分子。出现该现象的原因可能是( )
①循环次数不够 ②Taq
DNA聚合酶活力不够或其活性受到抑制 ③引物不能与模板链结合 ④系统设计欠妥
A.①②③
B.②③④
C.①③④
D.①②④
知识点二 PCR的实验操作
3.在遗传病及刑侦破案中常需要对样品DNA进行分析,PCR技术能快速扩增DNA片段,在几个小时内复制出上百万份的DNA拷贝,有效地解决了因为样品中DNA含量太低而难以对样品进行分析研究的问题。据图回答相关问题:
a链5′-G-G……T-C-3′ 5′-G-G-OH(引物Ⅰ)
b链3′-C-C……A-G-5′ ________(引物Ⅱ)
95℃↓
5′-G-G……T-C-3′ 3′-C-C……A-G-5′
55℃↓
5′-G-G……T-C-3′ 3′-C-C……A-G-5′
5′-G-G-OH
72℃↓
______________ ______________
(1)在相应的横线上写出引物Ⅱ,并在复性这一步骤中将引物Ⅱ置于合适的位置。
(2)在相应的横线上写出循环一次后生成的DNA分子。
(3)若将作为原料的四种脱氧核苷酸用32P标记,请分析循环一次后生成的DNA分子的特点是______________________________;循环n次后生成的DNA分子中不含放射性的单链占总单链的比例为________。
4.有关下列操作过程的叙述,错误的是( )
A.PCR实验中使用的微量离心管、枪头、缓冲液以及蒸馏水等在使用前必须进行高压灭菌
B.PCR所用的缓冲液和酶应分装成小份,并在-20℃储存
C.PCR所用的缓冲液和酶从冰箱拿出之后,迅速融化
D.在微量离心管中添加反应成分时,每吸取一种试剂后,移液器上的枪头都必须更换
参考答案
一、1.(1)3′端 磷酸基团 5′端 3′→5′ 5′→3′
(2)3′ 5′磷酸二酯键 5′端 3′端
2.(2)80~100℃ 变性 复性
3.解旋酶 95℃ 引物端 72℃ 边解旋边复制 不需要 需要 模板 四种脱氧核苷酸 酶 5′端 3′端
二、2.(1)变性 (2)复性 (3)延伸
3.(1)指数扩增 (2)230
三、1.准备 移液 混合 离心 反应
2.(1)高压灭菌 (2)-20℃ (3)移液器 (4)离心管
对点训练
1.C [PCR反应中DNA的扩增数目和生物体内的DNA复制是类似的,即1个DNA分子复制一次,变为2个,复制2次,产生4个DNA分子,呈指数扩增,开始有一个DNA分子的模板,经过n次复制后得到的DNA分子的数量为2n,与曲线C相符合。]
规律链接 扩增后,循环次数与DNA总数间的有关计算问题
在进行PCR扩增后,若以一个DNA片段作为模板,经n次循环后DNA分子总数为2n;若N个DNA片段作模板,经n次循环后DNA分子总数为N·2n。
2.D [该现象属于在PCR扩增中假阴性现象。其原因有:(1)Taq
DNA聚合酶活力不够或其活性受到抑制导致催化效率降低,得到的产物比预期的少;(2)引物设计不合理,可能不能与模板DNA结合,导致无法进行扩增;(3)提取的模板数量或质量不过关,不起模板作用,无法进行扩增;(4)PCR系统设置不妥,达不到预期的效果;(5)循环次数过少,产物的量比预期的少。]
3.(1)5′—G—A—OH
5′—G—G……T—C—3′ 3′—C—C……A—G—5′
HO—A—G—5′ 5′—G—G—OH
72℃
(2)3′—C—C……A—G—5′ 3′—C—C……A—G—5′
5′—G—G……T—C—3′ 5′—G—G……T—C—3′
(3)每个DNA分子各有一条链含32P标记 1/2n
解析 (1)DNA聚合酶不能从头开始合成DNA,只能从3′端延伸DNA链,所以引物就提供了3′端,子链延伸方向5′→3′,引物Ⅰ与b链部分碱基互补,引物Ⅱ则与a链部分碱基互补,且连接到a链的3′端,故引物Ⅱ的结构为5′—G—A—OH,复性结果为:
HO—A—G—5′
5′—G—G……T—C—3′
(2)经过一次循环后,产生的两个DNA分子分别含有引物Ⅰ和引物Ⅱ。
(3)由于作为原料的四种脱氧核苷酸被32P标记,所以新合成的子链均含有放射性,一次循环后的两个DNA各有一条链含32P,若复制n次,产生子链共2n×2,其中只有亲本的两条母链不含32P,则其所占比例为2/(2n·2)=1/2n。
联想 PCR扩增的方向总是从子链5′端向3′延伸,所以子链的一端需要引物。
规律链接 PCR扩增需要注意的问题
1.DNA复制需要引物的原因:DNA聚合酶不能从头开始合成DNA,而只能从3′端延伸DNA链。PCR中,引物长度通常为20~30个核苷酸。
2.当PCR反应体系的温度由变性后快速冷却到50℃左右时,引物与模板可结合,一般不需要考虑解开的两个DNA模板链的重新结合,原因是:
(1)模板DNA链比引物长得多而且复杂得多,不易重新结合。
(2)引物和模板之间的碰撞机会远远高于模板互补链之间的碰撞机会。
(3)加入的引物的量足够大,而模板链数量少。
4.C [在冰箱中放置的缓冲液和酶从冰箱中取出后应放在冰块上缓慢融化,而不能迅速融化,即C错误。]
联想 为避免外源DNA污染,所用仪器、缓冲液、蒸馏水等使用前必须高压灭菌,每添加一种反应成分更换一个移液器的枪头,混合后离心处理,使反应液集中在离心管底部。